困難梭狀桿菌感染引起反覆性長期腹瀉（>1週）見於腸道正常菌叢受破壞的族群。
腸道菌叢肩負多項生理調節功能，其中極為重要的一個功能便是抑制「壞菌」的（如困難梭狀桿菌）生長與活性。
腸道菌叢可能因為個人飲食習慣、免疫功能或服用抗生素等外在因素改變，正常菌叢失衡時，腸道保護力減弱，此時若感染困難梭狀桿菌毒力株，便會引起病人反復性難以痊癒的腹瀉。
由於困難梭狀桿菌會形成難以藉消毒去除的孢子，非常容易經由接觸傳播，傳播後亦可能蟄伏在宿主體內，伺機產生毒力因子。
如有不明原因腹瀉不止，可進行此檢測以釐清病因。
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